科學家的鳥基因 萬鳥基因體資料庫，達爾文也會興奮的好消息

這兩天有一個震動生物界的大消息，由丹麥，中國，美國等24個國家，125個研究機構，以及超過150位學者，累積了34年的田野調察和遠征，收集高品質的DNA樣品，嘔心瀝血建立的，萬鳥基因體資料庫（Bird 10,000 Genome Project, B10K），從世界各地的博物館，收集了大量鳥種的組織樣品，分析並建立的基因體資料，已經準備好提供大家使用了。 萬鳥基因體資料庫中含有363個種類的鳥基因體，資料其中267種都是第一次被解碼，涵蓋了世界上92%的鳥科（avian families）。並提供前所未有的大規模基因體資料分析。 鳥類成員們，不論是羽毛顏色，體型大小，飛行能力等，都有極大的差異，達爾文也曾為鳥類這些多彩多姿的變化而目眩神迷。然而為什麼會造成這樣的不同，秘密全都寫在基因體裡，建立這個鳥基因體資料庫正是解開這些演化謎團的開始。 這麼重要且目標宏大的鳥基因體資料庫的起始點，其是就是我們天天都能接觸的到的，雞。 科學家們深入研究雞蛋裡的小雞翅發育已經超久了，比對其他不會飛的平胸鳥類，如鴕鳥，鴯鶓之類，我們會發現鳥翅膀在解剖學上的演化。 過去我們知道，不會飛行的鳥類翅膀越來越短，飛行羽變得越來越沒用，然而腿卻越來越長，大姆趾也不見了，因為牠們不用站在樹枝上，開始在地上跑了。但是在這些型態變化上面，有許多模糊難辨的不同，在這樣的狀況下，科學家們各有各的說法，沒有其他更可靠的資訊和證據支持，就這樣，吵吵鬧鬧了好多年。 現在有了這個鳥基因體資料庫，科學家們可以尋線找出造成這些變化的密碼，了解在基因體上到底發生了什麼事。也可以整理出鳥類的演化樹，像家譜一樣追本溯源，找出鳥鳥們的老祖先，簡直就是科學家們的資訊金礦，說不定也可以平息一些科學家們的紛爭，科科。 萬鳥基因資料庫仍然會持續努力擴充資料，目標解碼超過2000種鳥基因體。 萬鳥基因體資料庫的鳥類組織樣品中，有40種是由世界上最老且最大的鳥類組織收集機構，美國路易斯安那大學自然科學博物館（LSU Museum of Natural Science，路科館）提供。路科館從1960年代開始收集動物標本，到現在共收藏了超過14萬個，約8千種脊椎動物標本。 還有40%的鳥類組織，來自位於美國華盛頓DC的，史密森尼國家自然歷史博物館（Smithsonian National Museum of Natural History）。其餘則來自哥本哈根大學的丹麥自然歷史博物館（Natural History Museum of Denmark）及其他機構。每一個都有豐富的館藏，真希望疫情快點過去，可以有機會去朝聖參觀～ 萬鳥基因體資料庫 https://b10k.genomics.cn/ 美國路易斯安那大學自然科學博物館 https://www.lsu.edu/mns/index.php 史密森尼國家自然歷史博物館 https://naturalhistory.si.edu/ 哥本哈根大學的丹麥自然歷史博物館 https://snm.ku.dk/english/ ------------------------------------------------------ 【 收聽 🎧 喜劇系科學 Podcast：Sky in the Wall】 Apple Podcast: 👉 https://reurl.cc/k0rn0n Anchor FM: 👉 https://anchor.fm/wallis-liu Youtube: 👉 https://reurl.cc/6l7KGr 【 收看 👀 喜劇系科學 Articles：Sky in the Wall】 Instagram: 👉 https://reurl.cc/m9rxMW Facebook: 👉 https://facebook.com/skyinthewall ------------------------------------------------------ 資料來源： https://www.bbc.com/news/science-environment-54904806 https://www.eurekalert.org/pub_releases/2020-11/fos--nbg111220.php https://cosmosmagazine.com/nature/birds/bird-genome-project-really-takes-off/ https://www.lsu.edu/mediacenter/news/2020/11/11biosci_faircloth_nature_b10k.php 圖片來源： https://www.nature.com/articles/s41586-020-2873-9 https://www.flickr.com/photos/skyinthewall/20161135466/ https://phys.org/news/2020-11-scientists-genomes-birds-avian-families.html #科學家的鳥基因 #生物資訊師們又有得忙了 #各種奇型怪狀的鳥都有阿 #好想去博物館

萬鳥基因體資料庫中含有363個種類的鳥基因體資料，其中267種都是第一次被解碼，一半以上都是雀鳥。這363個種類，涵蓋了世界上92%的鳥科（avian families）。

鳥家族中的成員們，不論是羽毛顏色，體型大小，飛行能力等，都有極大的差異，達爾文也曾為鳥類這些多彩多姿的變化而目眩神迷。

由丹麥，中國，美國等24個國家，125個研究機構，以及超過150位學者，累積了34年的田野調察和遠征，收集高品質的DNA樣品，嘔心瀝血建立的，萬鳥基因體資料庫（Bird 10,000 Genome Project, B10K），分析計算出的鳥鳥演化樹

雞，是基因體分析鳥類演化的最基礎模式動物

美國路易斯安那大學自然科學博物館（LSU Museum of Natural Science）共收藏了超過14萬個，約8千種脊椎動物標本。

一眼乍看還以為一堆青木瓜，原來是史密森尼國家自然歷史博物館抽屜裡的鳥類標本啊！

科學家的攝氏 攝氏溫度多少？你對攝氏了解多少？

溫度的度量，在科學史上有著長長的篇幅。總而言之，是一連串的發現，發明以及討論，才制定下來的。進300年來，科學界一共出現了8種不同的溫度計量單位， 1701年 - 牛頓溫標 ºN （degree Newton）， 1702年 - 羅氏溫標ºRø（degree Rømer）， 1714年 - 華氏溫標 ºF（degree Fahrenheit）， 1730年 - 列氏溫標 ºRé（degree Réaumur）， 1732年 - 德利爾溫標 ºD（degree Delisle）， 1742年 - 攝氏溫標 ºC（degree Celsius）， 1848年 - 開氏溫標 K（kelvin）， 1859年 - 蘭金溫標 ºRa（degree Rankine）。 在這些溫標之前，英國科學家，虎克先生（Robert Hooke）和波爾先生（Robert Boyle）提出將水的冰點定為0度的想法。荷蘭科學家，惠更斯先生（Christiaan Huygens）提出以水的冰點和沸點做為兩個固定的溫度參考點。英國的牛頓先生則將水的冰點設為0度，人體體溫設為12度，以這樣的基礎推算出水的沸點為33度。 我們今天常用的攝氏溫標，則是瑞典的攝氏先生（Anders Celsius），仔細研究水的沸點和氣壓之間的關係，發現冰的溶點不受氣壓影響，而水的沸點在加入氣壓為參數之後，也可計算出來，因此將這兩個者設為固定溫度參考點，並將其間區分為100個級度。不過，在攝氏先生的提案當中，沸點是0度，冰點是100度，跟我們現在熟悉的溫度概念剛好相反。 不過就在兩年後，攝氏先生過世的那一年，現代生物分類學之父，瑞典植物學家林奈先生（Carolus Linnaeus），默默翻轉了攝氏先生的溫標，為自己的溫室客製了一隻 “林奈溫度計” ，由於非常直覺好用，大家也就這樣延用下來了。 其實一開始，大家沒打算要記住攝氏先生的名子的，只叫這種溫標 “百度溫標”（Centigrade scale），但是centigrade這個字在許多語言裡，都很容易跟量角度的單位混淆。1984年的一次科學大會上，科學家們就決定，乾脆改名為攝氏溫標，省得麻煩。 雖然攝氏溫標沒有華氏溫標的歷史攸久和細緻（華氏的冰點和沸點之間分了180度），但是攝氏還是在科學界比較吃得開，世界上也只剩五個國家還在堅持用華氏（美國，巴西，帛琉，巴哈馬，開曼群島），看來，攝氏還是贏得滿漂亮的。 攝氏先生出生在1701年，瑞典的烏普薩拉，攝氏老爸是一位天文學教授（Nils Celsius），攝氏爺爺是一位數學家（Magnus Celsius），攝氏外公既是天文學家（Ander Spole）也是攝氏爸的老師（古時候的大家，好像很喜歡把老師的女兒，或姪女之類的....）。 攝氏外公可是紅極一時的科學家，遊歷歐洲各國，結交了許多科學家朋友。攝氏外公指導攝氏老爸寫的論文，是以當時教會學校無法接受的日心說（heliocentrism）為主題，搞得攝氏老爸的論文被禁。為了要證明自己的論點是對的，學術大老攝氏爺爺親自在家裡，蓋了一座天文台，自己的研究自己做！可惜，後來一場大火燒掉了這座天文台。 出生在這樣一個科學家庭，攝氏先生好像也不得不成為一位科學家。攝氏家的家庭圖書館館藏也相當豐富，攝氏先生從小就是讀家裡的牛頓全集長大的。雖然一開始，攝氏先生好像對天文和數學沒有什麼天份，但是在天天耳濡目染之後，到了12歲也就能解大學程度的數學題目了。 真的上烏普薩拉大學之後，其實攝氏先生也沒有很喜歡數學，還曾一度想要轉學去念法律。但他很幸運（或是不幸？）的遇到了一位好老師，俺的肚阿先生（Anders Gabriel Duhre），雖然肚阿先生口才不是很好，教學有點兩光，但致力於鼓勵學生從事研究，攝氏先生也被勸留下來。 之後，攝氏先生跟著老爸和他的大弟子，ㄟ李殼撥慢先生（Erik Burman）做研究，直到完成論文。1729年，撥慢先生過世，而且數學系主任拿到一筆錢，到歐洲其他國家客座，學校裡的教職突然出缺。1730年，29歲的攝氏先生就被指派接手這些業務，正式成為大學教授，主要研究極光。攝氏先生是第一個提出極光受地球磁力影響的科學家。 剛當上教授才兩年，1732年，攝氏先生就學外公當年，開始了他的歐洲天文台之旅，跟另一位數學家薑阿嘶先生（Jonas Meldercreutz）一起踏遍歐洲，尋訪天文台和天文學家們。這趟旅行之中，攝氏先生的研究也沒有停下來，他用在德國買的星象儀觀察天文和極光，發表了316篇文章，只是這些文章的發行總是慢吞吞，甚至停刊了45期...（真的不是要倒了嗎？）。 攝氏先生對天文台的愛，好像相當深厚，在義大利的旅程中，走到那裡都要幫人家蓋天文台，羅馬，波隆納，都是攝氏先生的足跡。生長在瑞典的攝氏先生，顯然相當喜歡溫暖的義大利，還曾經寫信給媽媽說，他想要搬到義大利定居。 1736年回到瑞典之後，攝氏先生加入了法國科學院的計畫。想辦法要回答，橢圓型的地球，到底長軸是平行還是垂直於南北極連線。這個問題從攝氏外公的那時候就開始吵，攝氏外公一直認為長軸是南北極方向，而牛頓先生則認為南北極應該是短軸。 這次計畫，要派兩組研究人員去測量地球的弧度，一組去祕魯，測靠近赤道的部份，一組去北極端，測靠近極地的部份。量出來，哪一端的地球表面弧度較平坦，就是短軸所在，一翻兩瞪眼。身為北國兒女，攝氏先生當然加入了北極端這邊的研究。沒想到攝氏先生這一趟漂向北方，量到了較為平坦的狐度，確定了牛頓先生的說法，打臉了自己的外公，真是大公無私阿！ 攝氏先生因為這一趟遠征的發現而聲名大噪，得到了足夠的研究經費，讓他重建外公當年燒掉的天文台（Celsius observatory），存放他從歐洲各地收羅來的各種儀器，在當時可是世界首屈一指的最先進天文台呢！不過，後來發現攝氏天文台蓋在不穩定的地基上，1853年在市郊又重建了一個，總之，你知道是要紀念誰的就好.... 攝氏先生隨後與歐洲各地的科學家們密切的合作，在天文方面做出了相當多的貢獻。然而，就在許多嚴酷氣候下的遠征和半夜觀星的生活當中，攝氏先生的健康也出了問題，1744年，年僅43歲的攝氏先生，就死於肺結核，結束了有點無奈的一生.... ------------------------------------------------------ 【 收聽 🎧 喜劇系科學 Podcast：Sky in the Wall】 Apple Podcast: 👉 https://reurl.cc/k0rn0n Anchor FM: 👉 https://anchor.fm/wallis-liu Youtube: 👉 https://reurl.cc/6l7KGr 【 收看 👀 喜劇系科學 Articles：Sky in the Wall】 Instagram: 👉 https://reurl.cc/m9rxMW Facebook: 👉 https://facebook.com/skyinthewall ------------------------------------------------------ 資料來源： https://en.wikipedia.org/wiki/Anders_Celsius https://mathshistory.st-andrews.ac.uk/Biographies/Celsius/ 圖片來源： https://en.wikipedia.org/wiki/Carl_Linnaeus https://en.wikipedia.org/wiki/Magnus_Celsius https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Anders_Spole.jpg http://abyss.uoregon.edu/~js/glossary/temperature_scale.html https://www.universetoday.com/47176/earths-axis/ https://www.uu.se/en/about-uu/history/celsius/ https://uppsalalibraryculturalheritage.wordpress.com/tag/nils-celsius/#jp-carousel-383 #科學家的攝氏 #科學世家的逼哀 #其實做久了也做出興趣 #打臉外公有點爽 #其實我們用的是反攝世溫標阿 #林奈先生還是比較屌

紅唇攝氏先生

左華氏溫標，右攝氏溫標

攝氏外公，天文學家Anders Spole

攝氏爺爺，數學家 Magnus Celsius

找不到攝氏老爸 Nils Celsius 的照片，只找到他老人家在實驗記錄本裡的筆跡

攝氏天文台的前世和今生

地球是橢園的喔～

科學家的實話 吹哨者的心理歷程

2018年出版的『惡血』一書中，描述於2003年成立的生技公司 Theranos（結合 therapy 治療，以及 diagnosis 診斷，於一字），聲稱研發了一種非常輕巧的家用驗血儀，只要從手指採幾滴血，就能得到傳統技術需要3-10毫升血液，才能完成的數百種血液檢測，成功募資金額高達70億美金，公司市值超過100億美元。 2015年，華爾街日報接到吹哨者的消息，展開秘密調查之後，揭發 Theranos 其實是個騙局，從未擁有劃時代的技術，只不過拼湊了一些其他廠牌的儀器，組裝在一起，而且檢驗準確性相當低。2018年6月，美國證券交易委員會對 Theranos 提出大規模詐騙的訴訟後，Theranos 於同年9月，正式宣布解散，結束了這場生技大騙局。 2020年2月，Theranos 事件的吹哨者之一，愛肋卡鄭小姐（Erika Cheung），在 TED talk 分享她在這事件當中的心路歷程。內容相當動人，也啟發省思，在此摘錄翻譯片段，相當推薦大家有空也可以聽聽，愛肋卡小姐帶著真摯情感的描述（https://reurl.cc/d5A2pV）。 七年前，我從柏克萊畢業，帶著細胞與分子生物學及語言學雙學位，在校園裡逛就業博覽會的時候，看到了Theranos 這間公司。他們雖然沒有提供太多資訊，但就已經夠令人驚豔了。 他們在做一個小小的居家設備，不需要用大針管抽血，只要幾滴指尖上的血，就能夠得到血檢數據。Theranos 的老闆，一粒砂不是. 福爾摩斯小姐（Elizabeth Holmes）在華爾街日報上發表過，運用這些逐日數據，甚至可以做預防性的疾病診斷，在真正生病之前就能著手預防和準備。 而我相信一粒砂小姐，還有一個原因是我的背景。我生長在一個，一家六口都住在只有一房的拖車裡的家庭，當我說我長大要念柏克萊的時候，大家都酸言酸語的說 “喔，是喔，我還想要當太空人呢，祝你好運厚。” 但是我沒有放棄，堅持努力下去，而最後我真的進了柏克萊。 在柏克萊的第一年對我來說是無比的挑戰，我遇到了一連串的犯罪，我被持槍搶劫，被性侵，三次。我陷入嚴重的恐慌症，無法完成課程，最後休學。大家這時候又跟我說 “愛肋卡，妳大概不是讀書的料，還是想想別的事做吧。” 但是我對自己說，不是這塊料也沒關係，我不能放棄我自己，也許我不是最好的，但我還是要試過才知道。我堅持下去了，得到了學位，我畢業了。 當我聽說一粒砂小姐在19歲的時候，從史丹佛輟學，成功的創始這間公司時，就像是看到了一個信號在說，不論你的背景如何，只要願意做，且夠聰明，就足夠影響全世界。對我來說，這正是支持我撐過所有難關的信念，我希望能參與這間公司，對這個世界做出貢獻，一直到老。當我接到錄取通知的時候，簡直飛上了天。 一開始我是菜鳥實驗室助理時，就見證了第一個警訊，在例行會議中檢視數據，判斷公司的技術是不是確實，然而有人會在這樣的程序中說 “嗯，把異常值（outlier）去掉吧。” 但是要怎麼知道哪個數據是異常值？答案是：你不知道。每一個數據都有它的價值，都在反應真實狀況，刪去任何一個都違反了我對科學的認知。 另一個警訊發生在臨床實驗室，當我在測定已知濃度為0.2的病人樣品時，第一次，我們的機器給我的讀數是8.9，第二次 5.1，第三次 0.5。這樣的狀況不只出現一次，幾乎是每天都這樣。這樣的準確性，用在測定未知濃度的病人樣品上，如何能給出一個確定的數據？在監管機關要求 Theranos 提出產品準確性證明的時候，真正提交出去的數據，不是出自 Theranos 的機器，而是另一台FDA已核準的他牌機器。 然而當我向公司營運長提出手邊的證據資料，表示我對這項產品的準確性存疑，並且憂慮產品上市後將有的後果後，我得到這樣的回應：你不曉得自己在幹麻，你只需要做我付錢要你做的事，處理病人樣品就好。 我和我的同事兼朋友，太熱袖子先生（Tyler Shultz）討論了這件事，太熱先生剛好就是公司董事之一，也是美國前國務卿，舊擠袖子先生（George Shultz）的孫子。我們決定當晚就去跟舊擠阿公吃晚飯，順便說這件事。舊擠阿公告訴我們：我知道你們都是聰明的孩子，但我已經向一大堆聰明的有錢人們募集了這麼多錢，他們都說這個機器會是健康產業上革命性的突破。所以你們要不要考慮一下，做點別的？ 我當時已經在這間公司工作七個月了，隔天我就辭了這份工作。但在這之前，我經歷了一連串的心理歷程，在一粒砂小姐的照片，出現在各大媒體封面，公司前景一片看好的時候，向公司，向營運長，向董事提出問題。我不得不懷疑，也許是我的問題？也許有些東西我還不知道的？也許我才是那個瘋狂的傢伙？ 很幸運的，就在此時，一位厲害的記者，薑卡雷龍先生（John Carreyrou），與我聯繫並告訴我，他從業界其他人以及公司的其他員工那裡，也聽說了一樣的問題。我這才知道，我不是那個瘋狂的傢伙，也有其他人跟我一樣，看到了問題，但是不敢說出來。 在雷龍先生開始秘密調查之前，公司就開始獵巫行動，威脅所有過去曾經揭發事實的人，包括離職員工，也包括我。我接過威脅信，也被跟蹤過，因此我找了一位律師，他提醒了我，可以去和監管機關提出報告。這就像是在屠龍一樣，展開了與巨獸的戰鬥，也造成了骨牌效應。我可以告訴你們，當時我其實很害怕，很焦慮。我的確提出了報告，但這份報告，花了我一個月的時間才寫完。終於投遞出去的時候，我心中抱著一線希望，希望沒有人會知道這份報告是我寫的。幸好，這份報告啟動了官方調察，並阻止了 Theranos 繼續處理病人樣品。 我們身處在一個對未來充滿展望的年代，每個人都想要相信最創新，最有野心的計畫。當這些期望和欲望強烈到壓倒了你的理性判斷，而且這些所謂創新可能危害社會的時候，我們有什麼樣的機制可以去阻止他呢？在我心中，最簡單的方法，就是培養一個讓人們願意說，並且能被聽見的文化。 ------------------------------------------------------ 【 收聽 🎧 喜劇系科學 Podcast：Sky in the Wall】 Apple Podcast: 👉 https://reurl.cc/k0rn0n Anchor FM: 👉 https://anchor.fm/wallis-liu Youtube: 👉 https://reurl.cc/6l7KGr 【 收看 👀 喜劇系科學 Articles：Sky in the Wall】 Instagram: 👉 https://reurl.cc/m9rxMW Facebook: 👉 https://facebook.com/skyinthewall ------------------------------------------------------ 資料來源： https://www.ted.com/talks/erika_cheung_a_journey_to_speaking_truth_in_power/transcript 圖片來源： https://www.siliconrepublic.com/companies/theranos-whistleblower-inspirefest-erika-cheung #科學家的實話 #說實話不應該有代價 #生技大騙局 #吹哨者